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Longue maladie : ce que change le décret du 29 juillet 2026

Par Julien Queste 4 min de lecture

Article corrigé le 7 octobre 2026. La première version annonçait à tort une « indemnité d’attente » pour les agents territoriaux. Cette indemnité, versée pendant l’attente d’un congé de longue maladie, ne concerne que les fonctionnaires de l’État. Pour un fonctionnaire territorial, le demi-traitement reste versé pendant la procédure devant le conseil médical : il n’y a donc pas de demande d’« indemnité d’attente » à faire. Nous nous excusons de cette erreur.

Le décret du 29 juillet 2026 modifie le renouvellement du congé de longue maladie. Il fixe aussi la marche à suivre pour se former pendant un arrêt. Pour les fonctionnaires de l’État, il étend aussi une indemnité à l’attente d’un congé de longue maladie. Cette indemnité ne concerne pas la territoriale.

En attendant le congé de longue maladie : ce qui est payé

Après douze mois consécutifs de congé de maladie, la reprise demande l’avis favorable du conseil médical. Dans la territoriale, le demi-traitement reste versé pendant la procédure devant le conseil médical. Ce maintien s’applique aussi à la fin d’un congé de longue maladie ou de longue durée.

Le demi-traitement est la moitié du traitement indiciaire : les primes suivent leurs propres règles. Un congé de longue maladie demandé pendant le congé de maladie, s’il est accordé, débute à la première constatation médicale de la maladie.

Le ministère a annoncé une « indemnité d’attente » pour cette situation. Le décret du 29 juillet 2026 la réserve aux fonctionnaires de l’État, pour les congés qui débutent ou sont prolongés à compter du 1er septembre 2026. Pour les fonctionnaires territoriaux, la règle du demi-traitement ne change pas.

Si votre demi-traitement s’arrête pendant cette attente, signalez-le par écrit à votre service. Un délégué FSU peut regarder votre dossier avec vous.

Pour aller plus loin, voir nos pages sur la perte de salaire en arrêt maladie et sur les indemnités en arrêt maladie.

Renouvellement : dans la limite de six mois, sur avis médical

Le congé de longue maladie ou de longue durée peut être accordé ou renouvelé dans la limite de six mois, sur avis médical. Cette rédaction vaut pour les congés qui débutent ou sont prolongés à compter du 1er septembre 2026. Avant, chaque période durait de trois à six mois : la durée la plus longue ne change pas. La durée minimale de trois mois disparaît. Les conditions d’accès à ce congé sont détaillées dans notre page sur le congé de longue maladie.

Après la fin du plein traitement, le renouvellement ne demande plus à chaque fois l’avis du conseil médical.

Un examen par un médecin agréé a lieu au moins une fois par an : cette règle existait déjà. Vous en êtes informé par courrier recommandé. Ne pas s’y présenter interrompt le versement de la rémunération jusqu’à l’examen. Quand le congé a été décidé à l’initiative de l’employeur, cet examen a lieu aussi à chaque fin de période et à chaque renouvellement.

Se former pendant son congé : la marche à suivre est fixée

La loi permettait déjà à un fonctionnaire de demander une formation ou un bilan de compétences pendant un congé pour raison de santé. Le décret fixe la marche à suivre : il faut l’avis favorable du médecin agréé. L’employeur se prononce ensuite dans les trente jours. Cette marche à suivre vaut pour les congés qui débutent ou sont prolongés à compter du 1er septembre 2026. Elle concerne les congés de maladie, de longue maladie et de longue durée. Elle concerne aussi les congés après un accident de service ou une maladie professionnelle.

Plutôt que d’attendre l’inaptitude, vous pouvez demander une formation ou un bilan de compétences pendant la période de soins, pour préparer votre réadaptation ou votre reconversion. C’est une possibilité, à votre demande : ce n’est pas une obligation.

Ce qu’il faut faire

  • Fonctionnaire territorial : vos douze mois de congé de maladie se terminent et le conseil médical est saisi ? Vérifiez que votre demi-traitement continue.
  • Anticipez les demandes de renouvellement : le certificat médical doit indiquer que le congé doit être prolongé et pour quelle durée.
  • Si le retour sur votre poste paraît difficile, parlez-en au médecin du travail. Vous pouvez demander une formation ou un bilan de compétences. Il faut l’avis favorable du médecin agréé, puis l’accord de l’employeur.
  • Gardez une copie datée de chaque demande et de chaque avis médical : elle vous sera utile en cas de désaccord.

La formation ne se met en place que si vous la demandez. Un délégué FSU peut regarder votre dossier avec vous. Vous pouvez aussi vérifier votre fiche de paie avec notre vérificateur de paie.

Les sources