FICHE PRATIQUE

Arrêt maladie : combien perdez-vous sur votre salaire ?

En arrêt maladie ordinaire, un fonctionnaire territorial perd d’abord, en principe, une journée de traitement (le jour de carence). Il touche ensuite 90 % de son traitement pendant trois mois, puis 50 % pendant neuf mois, calculés sur les douze derniers mois. Vos primes baissent au mieux au même rythme, selon la délibération de votre collectivité. Les contractuels perçoivent des indemnités journalières complétées par l’employeur.

Cette page vous explique ce qui baisse sur votre bulletin de paie pendant un congé de maladie ordinaire (CMO), qui vous verse quoi, ce qui se passe après un an d’arrêt, et comment estimer votre perte de salaire avec notre simulateur.

Fonctionnaires : 90 % puis 50 % du traitement

Sur une période de douze mois, le fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire perçoit :

90 % de son traitement indiciaire pendant trois mois (90 trentièmes) ;
50 % de son traitement indiciaire pendant les neuf mois suivants (270 trentièmes).

Avant le 1^er mars 2025, les trois premiers mois étaient payés à plein traitement. La loi de finances pour 2025 a modifié l’article L822-3 du code général de la fonction publique, et le décret n° 2025-197 du 27 février 2025 a adapté les textes de la fonction publique territoriale. Les congés accordés depuis le 1^er mars 2025 suivent la nouvelle règle.

Le décompte est « glissant ». Pour chaque jour d’arrêt, l’administration regarde combien de jours de CMO vous ont déjà été payés à 90 % ou à 50 % au cours des 365 jours précédents. Vos droits ne repartent donc pas à zéro au 1^er janvier, ni après une simple journée de reprise.

Le jour de carence : une journée sans traitement

Le premier jour de chaque nouvel arrêt n’est en principe pas payé. Ce jour compte pourtant dans les trois mois à 90 %. La retenue est d’un trentième de votre paie d’un mois complet : traitement, NBI, indemnité de résidence et primes liées aux fonctions. Le supplément familial de traitement, les remboursements de frais et le CIA, entre autres, n’entrent pas dans la retenue. Le principe est dans l’article 115 de la loi n° 2017-1837, le détail dans la circulaire du 15 février 2018.

Il ne s’applique pas dans plusieurs cas : prolongation d’arrêt, reprise de 48 heures au plus entre deux arrêts pour la même cause, affection de longue durée (une seule carence sur trois ans), arrêt après une déclaration de grossesse, accident de service ou maladie professionnelle, premier arrêt dans les 13 semaines qui suivent le décès d’un enfant de moins de 25 ans. Tous les détails sont sur notre page consacrée au jour de carence dans la fonction publique territoriale.

Ce qui baisse sur votre bulletin de paie

Élément de paie	Jour de carence	3 premiers mois	9 mois suivants
Traitement indiciaire	Non versé	90 %	50 %
NBI	Non versée	90 %	50 %
Complément de traitement indiciaire (CTI) et indemnité compensatrice de la CSG	Non versés	90 %	50 %
Indemnité de résidence	Non versée	100 %	100 %
Supplément familial de traitement	Maintenu	100 %	100 %
Primes liées aux fonctions (IFSE…)	Non versées	90 % puis 50 % au maximum, selon la délibération

Congé de maladie ordinaire d’un fonctionnaire territorial. Sources : article L822-3 du CGFP, article 2 du décret n° 93-863 (NBI), article 15 du décret n° 2020-1152 (CTI), article 4 du décret n° 2017-1889 (indemnité CSG).

Pour vos primes, aucun texte n’impose leur maintien pendant un CMO : tout dépend de la délibération de votre collectivité, qui ne peut pas faire mieux que l’État (90 % puis 50 %). Policiers municipaux, gardes champêtres et sapeurs-pompiers professionnels : la limite de 90 % ne joue pas pour eux. Selon l’administration, leur collectivité peut encore maintenir leurs primes en entier. Nous détaillons les règles, congé par congé, sur notre page maintien de vos primes en arrêt maladie.

Qui vous paie ? Indemnités journalières et complément employeur

Selon votre statut et votre temps de travail, votre salaire pendant l’arrêt ne vient pas du même endroit. C’est souvent ce qui rend le bulletin difficile à lire.

Fonctionnaire à 28 heures par semaine ou plus, en général (CNRACL)

Vous relevez du régime spécial de sécurité sociale des agents territoriaux. Vous ne recevez pas d’indemnités journalières de la CPAM : c’est votre collectivité qui vous verse directement votre traitement réduit (décret n° 60-58 du 11 janvier 1960, articles 11 et 16).

Fonctionnaire à moins de 28 heures, en général (IRCANTEC)

Vous êtes affilié au régime général. Vous gardez les mêmes droits à 90 % puis 50 %, mais les indemnités journalières de la CPAM viennent en déduction de ce que verse la collectivité (décret n° 91-298 du 20 mars 1991, articles 34 et 38).

Agent contractuel

La CPAM vous verse des indemnités journalières, en règle générale à partir du 4^e jour d’arrêt. Elles valent 50 % de votre salaire journalier de base, calculé sur un salaire plafonné à 1,4 Smic pour les arrêts commencés depuis le 1^er avril 2025 (décret n° 2025-160 du 20 février 2025). Votre employeur complète selon votre ancienneté (voir ci-dessous), en déduisant ces indemnités (article 12 du décret n° 88-145).

Si votre employeur pratique la subrogation, c’est lui qui encaisse les indemnités journalières et vous verse la totalité de la somme due. Sinon, vous recevez deux paiements : les indemnités de la CPAM d’un côté, un salaire réduit de l’autre. Dans ce cas, transmettez vite vos relevés d’indemnités à la paie pour éviter un trop-perçu à rembourser plus tard.

Agents contractuels : des droits liés à l’ancienneté

Sur une période de douze mois, l’agent contractuel territorial en arrêt maladie a droit à un congé rémunéré dont la durée dépend de son ancienneté (article 7 du décret n° 88-145 du 15 février 1988) :

après 4 mois de services : 1 mois à 90 %, puis 1 mois à 50 % ;
après 2 ans de services : 2 mois à 90 %, puis 2 mois à 50 % ;
après 3 ans de services : 3 mois à 90 %, puis 3 mois à 50 %.

Avec moins de 4 mois de services, vous n’avez pas droit à un congé payé par l’employeur. Vous êtes placé en congé de maladie sans rémunération, pour un an au plus si l’incapacité est temporaire (article 11 du décret n° 88-145). Seules les indemnités journalières de la CPAM vous sont alors versées, si vous remplissez ses conditions.

Après 12 mois de congé de maladie ordinaire

Le congé de maladie ordinaire dure un an au maximum. Si vous avez cumulé douze mois de CMO sur douze mois consécutifs, vous ne pouvez pas reprendre le travail sans l’avis favorable du conseil médical (article 17 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987).

Si l’avis est défavorable, trois issues sont possibles : une période de préparation au reclassement ou un reclassement dans un autre emploi, une mise en disponibilité d’office, ou une retraite pour invalidité si vous êtes reconnu définitivement inapte à tout emploi. Votre demi-traitement continue d’être versé jusqu’à la décision : l’administration ne peut pas vous laisser sans rien pendant qu’elle instruit votre dossier.

Si votre maladie est grave et invalidante, pensez au congé de longue maladie (CLM) : il est payé à plein traitement la première année (article L822-8 du CGFP). Si vous le demandez pendant votre congé de maladie, le CLM part du jour de la première constatation médicale de la maladie (article 25 du décret n° 87-602). Les mois déjà passés en CMO sont alors payés comme un CLM, et la retenue du jour de carence doit vous être remboursée (circulaire du 15 février 2018). Faites la demande par écrit, avec un certificat de votre médecin.

En disponibilité d’office, la collectivité ne vous verse plus de traitement. Si vous remplissez les conditions de la Sécurité sociale, vous avez droit à une indemnité, dite « de coordination », égale à la moitié de votre traitement (les deux tiers avec trois enfants à charge), hors primes liées aux fonctions et dans la limite des plafonds de la Sécurité sociale (article 4 du décret n° 60-58). Le même article prévoit un complément quand votre demi-traitement est inférieur aux indemnités journalières que vous auriez touchées.

Simulateur de perte de salaire en arrêt maladie

Ce calculateur estime la perte d’un fonctionnaire pour un premier arrêt continu, sans autre CMO dans les 365 jours précédents. Choisissez l’hypothèse qui correspond à la délibération de votre collectivité pour les primes. Si vous avez déjà été arrêté dans l’année, il vous faut le nombre de jours déjà payés à 90 % et à 50 %. Un délégué FSU peut vous aider à le demander à votre employeur.

Traitement + NBI + CTI nets (€ par mois)
Hors primes, indemnité de résidence et SFT
Primes nettes (€ par mois)
IFSE et autres primes mensuelles, hors CIA
Indemnité de résidence nette (€)
0 si vous n’en percevez pas
Premier jour d’arrêt
Dernier jour inclus

Vos primes pendant l’arrêt (selon votre délibération)
Appliquer un jour de carence

Prévoyance : la garantie maintien de salaire

Rien, dans le statut, ne compense la perte de salaire pendant un arrêt maladie. C’est le rôle de la prévoyance, souvent appelée « garantie maintien de salaire ». Selon le contrat, elle peut verser un complément. Le minimum prévu par les textes ne joue qu’à compter du passage à demi-traitement, pas pendant les trois mois à 90 %.

Depuis le 1^er janvier 2025, votre employeur doit participer à hauteur d’au moins 7 € par mois à un contrat de prévoyance éligible. Ces contrats doivent au minimum garantir, en cas d’incapacité de travail et à compter du passage à demi-traitement, « une rémunération nette équivalente à 90 % du traitement indiciaire, de la nouvelle bonification indiciaire et 40 % du régime indemnitaire nets » (décret n° 2022-581 du 20 avril 2022, articles 2 et 3).

Vérifiez votre contrat avant d’en avoir besoin : la part des primes couverte et le délai avant le premier versement varient d’un contrat à l’autre. Notre page sur la protection sociale complémentaire (santé et prévoyance) vous aide à y voir clair.

Questions fréquentes sur la perte de salaire en arrêt maladie

Le jour de carence compte-t-il dans les trois mois à 90 % ?

Oui. Il fait partie du congé de maladie et il est décompté dans vos droits. Un arrêt de 90 jours comprend donc un jour sans salaire et 89 jours à 90 %.

Mes droits à 90 % repartent-ils à zéro au 1er janvier ?

Non. Le calcul se fait jour par jour sur les 365 jours précédents. Un arrêt de deux mois en novembre réduit encore vos droits à 90 % en mars suivant.

Est-ce que je perds aussi mes primes ?

Le jour de carence, oui, pour les primes liées à vos fonctions (l’IFSE par exemple). Ensuite, cela dépend de la délibération de votre collectivité : au mieux, vos primes suivent le traitement (90 % puis 50 %). Si la délibération ne dit rien sur les arrêts, le maintien de vos primes n’est pas garanti. Détails sur notre page maintien des primes en arrêt maladie.

Un contractuel perd-il autant qu’un fonctionnaire ?

Pas forcément. Il perçoit des indemnités journalières de la CPAM, complétées par l’employeur jusqu’à 90 % puis 50 % de son traitement, mais pour une durée qui dépend de son ancienneté (un à trois mois à chaque taux). Avant quatre mois de services, l’employeur ne verse rien : seules les indemnités de la CPAM sont dues, si vous remplissez ses conditions.

Comment vérifier la retenue sur mon bulletin de paie ?

Demandez le décompte des jours de CMO retenus sur les 365 jours précédents.
Repérez séparément le jour de carence, les jours à 90 % et les jours à 50 %.
Contrôlez ligne par ligne le traitement, la NBI, l’indemnité de résidence et le SFT.
Demandez la délibération qui fixe le sort des primes pendant la maladie : un délégué FSU peut vous aider à l’obtenir.
En cas de doute, montrez d’abord vos bulletins à un délégué FSU. Vous pouvez ensuite écrire à la paie. Gardez vos bulletins.

Une retenue vous paraît anormale ? Le service de paie peut vous donner une explication. La FSU peut vous donner la règle. Et la règle n’est pas toujours bien appliquée. Contactez la FSU Territoriale 62 avec votre arrêté de congé, le décompte de l’employeur et vos bulletins : nous vérifions avec vous. Pour être accompagné au quotidien, vous pouvez aussi adhérer.