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Arrêts maladie : ce qui change pour vous au 1er septembre 2026
Depuis le 1er septembre 2026, de nouvelles règles s’appliquent aux arrêts maladie des agents publics. Formulaire sécurisé, durée des prescriptions plafonnée, prolongations plus encadrées, contrôle possible au domicile et interruption de la rémunération : voici les changements à connaître.
La réforme résulte du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel du 31 juillet 2026.
Elle concerne les fonctionnaires et les agents contractuels des trois versants de la fonction publique, dont les agents territoriaux.
Attention : les nouvelles dispositions s’appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.
Un formulaire sécurisé pour les arrêts papier
Lorsqu’un arrêt de travail est établi au format papier, le prescripteur doit désormais utiliser le formulaire Cerfa sécurisé.
Ce document comporte plusieurs dispositifs d’authentification destinés à limiter la falsification et la circulation de faux arrêts de travail.
Un arrêt rédigé sur papier libre, sur une ordonnance ou au moyen d’un ancien formulaire peut donc être refusé. Si le document qui vous est remis ne semble pas conforme, demandez rapidement sa régularisation.
Cette obligation concerne les arrêts établis sur papier. Elle ne remet pas en cause les procédures de transmission dématérialisée lorsqu’elles sont utilisées.
Un premier arrêt limité à 31 jours
La durée d’une prescription d’arrêt de travail est désormais plafonnée :
- à 31 jours pour un premier arrêt ;
- à 62 jours pour chaque prolongation.
Le prescripteur peut dépasser ces plafonds lorsque l’état de santé de l’agent justifie médicalement une durée plus longue. Il doit alors indiquer sur la prescription les raisons de cette dérogation, en tenant compte, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Pour les agents atteints d’une maladie nécessitant un arrêt prolongé, cette règle pourra entraîner des consultations plus régulières.
Soyez particulièrement attentif aux dates : une prolongation tardive peut interrompre la continuité administrative de l’arrêt et avoir des conséquences sur votre rémunération.
Les prolongations sont plus encadrées
La prolongation doit en principe être établie par :
- le professionnel ayant prescrit l’arrêt initial ;
- votre médecin traitant ;
- une sage-femme ou un chirurgien-dentiste, dans leur champ de compétence.
Des exceptions existent notamment en cas d’hospitalisation, de recours à un spécialiste à la demande du médecin traitant, d’intervention d’un médecin remplaçant ou d’impossibilité dûment justifiée de consulter le prescripteur initial ou le médecin traitant.
Lorsqu’un autre professionnel établit la prolongation, le motif doit être indiqué sur l’avis d’arrêt de travail.
En dehors des situations autorisées, le maintien de la rémunération peut être remis en cause.
Les règles de sorties s’appliquent désormais aux agents publics
Le prescripteur doit indiquer le régime de sorties applicable pendant l’arrêt :
- sorties interdites ;
- sorties autorisées avec obligation de présence ;
- sorties autorisées sans restriction horaire lorsque l’état de santé le justifie.
Lorsque les sorties sont autorisées avec des horaires de présence, l’agent doit être présent à son domicile ou à son lieu de repos de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures, y compris les samedis, dimanches et jours fériés.
Une absence reste possible pendant ces horaires pour recevoir des soins ou passer des examens médicaux. Il est prudent d’en conserver un justificatif.
Ces modalités sont définies par l’article R. 323-11-1 du Code de la sécurité sociale.
Un contrôle peut être effectué à votre domicile
L’employeur public peut désormais faire contrôler votre présence :
- à votre domicile ;
- à votre lieu de repos, s’il est différent ;
- lorsque les sorties sont interdites ;
- pendant les heures de présence obligatoire.
Le contrôle administratif peut être réalisé par une personne habilitée. Il ne doit pas être confondu avec la visite effectuée par un médecin agréé, qui porte sur la justification médicale de l’arrêt.
Si vous séjournez temporairement à une autre adresse, signalez-la à votre employeur afin que le contrôle puisse être effectué au bon endroit.
Une absence injustifiée peut interrompre votre rémunération
Une absence injustifiée lors du contrôle ou un refus de s’y soumettre peut entraîner l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la date prévue de fin de l’arrêt.
Le texte ne prévoit pas automatiquement la récupération de toute la rémunération versée depuis le premier jour. En revanche, la période non rémunérée continue à être décomptée dans la durée du congé en cours.
Pour les fonctionnaires territoriaux, cette sanction est précisée par l’article 26-1 du décret du 30 juillet 1987.
Conservez donc les justificatifs de vos consultations, soins, examens ou séances de rééducation lorsqu’ils se déroulent pendant une période de présence obligatoire.
Ce que le décret ne change pas
Le décret du 29 juillet 2026 ne modifie pas :
- le respect du secret médical ;
- les durées totales des différents congés pour raisons de santé ;
- les principes de rémunération applicables pendant ces congés.
Votre employeur n’a toujours pas à connaître votre pathologie ou le motif médical détaillé de votre arrêt.
Pour comprendre le jour de carence, le passage à 90 % puis à 50 % et les conséquences sur les primes, consultez notre guide sur la perte de salaire pendant un arrêt maladie.
Ce qu’il faut faire dès votre prochain arrêt
- Vérifiez que tout arrêt papier utilise le formulaire Cerfa sécurisé.
- Transmettez-le à votre employeur dans le délai applicable et conservez une preuve d’envoi.
- Regardez attentivement le régime de sorties indiqué.
- Respectez les heures de présence obligatoire.
- Pour une prolongation, consultez en priorité le prescripteur initial ou votre médecin traitant.
- Signalez l’adresse de votre lieu de repos si elle diffère de votre domicile.
- Conservez les justificatifs de vos soins et rendez-vous médicaux.
Ce que nous en retenons
La lutte contre les faux arrêts de travail est légitime. Mais ces nouvelles règles font également peser davantage d’obligations sur les agents malades.
Une prolongation mal établie, une adresse non communiquée ou une absence non justifiée lors d’un contrôle peut désormais avoir des conséquences importantes sur la rémunération.
Si votre arrêt est refusé ou si votre rémunération est interrompue à la suite d’un contrôle, demandez à votre employeur de vous communiquer par écrit le fondement précis de sa décision. Vous pouvez également contacter la FSU Territoriale 62 pour être accompagné.