Perte de salaire en arrêt maladie

En congé de maladie ordinaire (CMO), un agent territorial peut subir un jour de carence, une baisse de son traitement et une réduction de certaines primes. Les règles diffèrent entre fonctionnaires et contractuels. Cette page vous aide à comprendre votre bulletin et à estimer la perte pour un premier arrêt continu.

Fonctionnaires : 90 % puis 50 % du traitement

Sur une période de douze mois consécutifs, le fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire peut percevoir :

• 90 % du traitement indiciaire pendant 90 trentièmes ;
• 50 % du traitement indiciaire pendant les 270 trentièmes suivants.

L’administration examine les jours de CMO déjà rémunérés au cours des 365 jours précédant chaque journée d’arrêt. Les droits ne se remettent donc pas à zéro au 1^er janvier ni après une simple journée de reprise. Le décompte est « glissant ».

Le CMO peut durer au maximum un an. À l’épuisement des droits à rémunération, la situation doit être examinée selon votre état de santé et votre statut.

Le jour de carence

En principe, le premier jour de chaque nouvel arrêt n’est pas rémunéré. Ce jour compte néanmoins parmi les 90 trentièmes de la première période de CMO.

Pour un fonctionnaire territorial, le traitement indiciaire, la NBI et l’indemnité de résidence ne sont pas versés ce jour-là. Le supplément familial de traitement reste maintenu. Le régime indemnitaire dépend de la délibération de la collectivité et de ses règles de paie.

Le jour de carence ne s’applique pas dans certaines situations prévues par les textes, notamment lorsque la prolongation répond aux conditions légales, pour certains congés liés à la grossesse, pour une affection de longue durée dans les limites prévues, ou lorsque l’arrêt est en lien avec un accident de service ou une maladie professionnelle reconnus. Vérifiez votre situation avant d’accepter une retenue.

Traitement, NBI, indemnité de résidence et primes

Dans la fonction publique territoriale, aucun texte national n’impose le maintien général des primes pendant le CMO. La collectivité doit avoir fixé les règles par délibération, dans le respect du principe de parité avec la fonction publique de l’État. Demandez cette délibération et comparez-la à votre bulletin de paie.

Agents contractuels : des droits liés à l’ancienneté

Après quatre mois de services, l’agent contractuel territorial bénéficie, sur présentation d’un certificat médical, d’un congé rémunéré dont la durée dépend de son ancienneté :

• après 4 mois de services : 1 mois à 90 %, puis 1 mois à 50 % ;
• après 2 ans de services : 2 mois à 90 %, puis 2 mois à 50 % ;
• après 3 ans de services : 3 mois à 90 %, puis 3 mois à 50 %.

Ces sommes sont coordonnées avec les indemnités journalières de la Sécurité sociale. Selon que l’employeur pratique ou non la subrogation, les versements peuvent apparaître différemment. Avant quatre mois de services, le congé de maladie est en principe sans traitement de l’employeur, sous réserve des indemnités journalières auxquelles l’agent peut avoir droit.

Simulateur indicatif de perte pour un fonctionnaire

Ce calculateur estime la retenue pour un premier arrêt continu, sans autre CMO dans les 365 jours précédents. Il ne remplace pas le décompte glissant de votre employeur. Si vous avez déjà été en arrêt au cours de cette période, demandez à votre service RH le nombre de trentièmes déjà consommés.

Comment vérifier une retenue ?

1. Demandez le décompte des jours de CMO retenus sur les 365 jours précédents.
2. Identifiez séparément le jour de carence, les jours payés à 90 % et ceux payés à 50 %.
3. Vérifiez le traitement indiciaire, la NBI, l’indemnité de résidence et le SFT ligne par ligne.
4. Demandez la délibération qui règle le maintien ou la réduction des primes.
5. En cas d’écart, adressez rapidement une demande écrite de correction à la paie et conservez les bulletins concernés.

Une retenue vous paraît incorrecte ? Vous pouvez contacter la FSU Territoriale 62 avec votre arrêté de placement en congé, le décompte de l’employeur et vos bulletins de paie.

Sources officielles

• Service-Public : congé de maladie du fonctionnaire
• Service-Public : jour de carence dans la fonction publique
• Code général de la fonction publique, article L822-3
• Décret n° 88-145 du 15 février 1988, article 7 (contractuels territoriaux)

Page mise à jour en septembre 2026. Elle présente les règles générales applicables dans la fonction publique territoriale ; les délibérations locales peuvent compléter les règles relatives aux primes.