Les indemnités en arrêt maladie

C’est l’un des sujets de préoccupation majeurs pour les agents territoriaux : que deviennent vos primes (RIFSEEP, NBI, indemnités de sujétions) lorsque vous êtes en arrêt maladie ? Contrairement au salaire de base (le traitement indiciaire) qui suit des règles nationales strictes (maintien à 90 % puis 50 %), le sort de vos primes en cas d’absence dépend d’une « loterie » territoriale. Chaque Mairie, Département ou Région fixe ses propres règles par délibération. La FSU Territoriale 62 vous explique le cadre légal (principe de parité) et comment vérifier si votre collectivité ampute ou maintient votre régime indemnitaire quand votre santé flanche.

Le grand principe : La délibération de la collectivité

Dans la Fonction Publique Territoriale (FPT), il n’existe aucune loi nationale qui garantit le maintien de vos primes en cas d’arrêt pour maladie ordinaire.

La règle est claire : le maintien, la réduction ou la suppression de votre régime indemnitaire en cas d’absence est une décision qui appartient exclusivement au Conseil Municipal, au Conseil Départemental ou au Conseil Régional. Cette décision prend la forme d’une délibération, obligatoirement soumise pour avis au Comité Social Territorial (CST) où siègent vos représentants du personnel.

Les différents scénarios possibles

Selon l’endroit où vous travaillez, vous pouvez être confronté à des traitements radicalement différents. Voici les trois pratiques les plus courantes constatées par la FSU 62 :

• Le maintien calqué sur le traitement (Le plus juste) : La collectivité décide que les primes suivent le même sort que le salaire de base. Par exemple, si vous êtes à 90 % de votre salaire, vos primes sont maintenues à 90 %.
• Le maintien avec « franchise » : Les primes sont maintenues à 100 % pendant les 15 premiers jours d’arrêt cumulés dans l’année, puis sont totalement suspendues au-delà.
• La suppression totale immédiate (La double peine) : Dès le premier jour d’arrêt de travail, la collectivité suspend la totalité des primes (IFSE comprise). L’agent subit donc le jour de carence sur son salaire, et perd instantanément tout son régime indemnitaire au prorata de son absence.

Le « Principe de Parité » avec l’État

Même si un Maire est libre, il ne peut pas faire ce qu’il veut. La loi lui impose le principe de parité : les agents territoriaux ne peuvent pas bénéficier de règles plus favorables que les fonctionnaires de l’État.

Qu’est-ce que cela signifie concrètement ? Si un décret national interdit formellement le maintien d’une prime spécifique pour les agents de l’État pendant un congé maladie, votre Maire a l’interdiction absolue de vous la maintenir. À l’inverse, si l’État autorise le maintien, votre Maire peut le faire… mais il n’y est pas obligé ! C’est ce que la FSU appelle un système plafonné vers le haut, mais ouvert vers le bas.

Ce que change la réforme du 1^er mars 2025 : pour les agents de l’État, le régime indemnitaire suit désormais le sort du traitement en congé de maladie ordinaire (90 % pendant 3 mois, puis 50 %). Par parité, une collectivité ne peut donc plus maintenir l’IFSE à 100 % pendant un CMO : les délibérations qui le prévoyaient doivent être modifiées (la DGCL l’a confirmé, et le Conseil d’État avait déjà, le 22 novembre 2021, jugé illégal le maintien de l’IFSE en CLM/CLD, avantage non prévu pour l’État). En clair, la « loterie » territoriale ne joue plus que vers le bas.

CLM, CLD, Grave Maladie : Les nouveautés 2024 / 2025

Les règles concernant les pathologies lourdes ont récemment évolué, offrant de nouvelles possibilités de maintien de primes, à condition que votre collectivité prenne une nouvelle délibération pour les appliquer.

Congé de Longue Maladie (CLM) et Grave Maladie

Historiquement suspendues en CLM, les primes peuvent désormais être maintenues en partie. L’État ayant fait évoluer sa réglementation depuis fin 2024, les collectivités territoriales sont désormais autorisées (si elles le votent) à maintenir le régime indemnitaire à hauteur de :

• 33 % la première année du congé.
• 60 % les deuxième et troisième années du congé.

Congé de Longue Durée (CLD)

La règle est stricte : en cas de placement en Congé de Longue Durée (CLD) (réservé à 5 groupes de maladies très graves comme les cancers ou la sclérose en plaques), le versement des primes et du régime indemnitaire est obligatoirement suspendu. La collectivité n’a pas le droit de déroger à cette règle.

Foire Aux Questions (FAQ)

Le CIA (Complément Indemnitaire Annuel) est-il impacté ?

Oui, très souvent. Le CIA étant censé rémunérer « l’engagement professionnel et la manière de servir », de nombreuses collectivités prévoient dans leur délibération que les absences pour maladie ordinaire font baisser proportionnellement (voire annulent totalement) le montant de la prime de fin d’année. C’est un point de négociation syndicale majeur.

Comment puis-je connaître les règles de ma commune ?

Vous avez le droit de demander au service RH (ou au secrétariat général) une copie de la délibération instaurant le RIFSEEP (ou le régime indemnitaire). C’est ce document juridique qui fait foi. S’il n’y a aucune disposition écrite sur le sort des primes en cas de maladie, l’administration est tenue de les maintenir ! Si l’employeur vous les retire sans base légale, contactez immédiatement la FSU Territoriale 62 pour un recours.

Les mutuelles (Prévoyance) compensent-elles la perte des primes ?

Cela dépend de votre contrat. Certains contrats collectifs de prévoyance (Maintien de salaire) garantissent uniquement 95% ou 100% du salaire « net de base ». D’autres incluent explicitement la compensation des primes (régime indemnitaire). Lors de l’instauration de la mutuelle obligatoire dans votre collectivité, vérifiez bien ce point : une prévoyance qui n’inclut pas les primes ne protège pas efficacement un agent de catégorie A ou de catégorie B, pour qui le RIFSEEP représente une part énorme du salaire.